O papel principal da atividade fiscal é a fiscalização do exercício profissional em todas as suas áreas de atuação, como na farmácia de manipulação, na drogaria, na farmácia hospitalar, na indústria de medicamentos, alimentos e cosméticos, na distribuidora de medicamentos e produtos para a saúde, no laboratório de análises clínicas e toxicológicas e em todos outros locais previstos no âmbito profissional farmacêutico regulamentado. As atividades fiscalizadoras são desenvolvidas sempre de forma orientativa junto ao farmacêutico, avaliando as condições do exercício profissional através da aplicação de formulários específicos.

Nos estabelecimentos que funcionam sem responsável técnico, são lavrados Autos de Infração previstos na Lei Federal 3.820/60. Quando identificadas irregularidades durante a inspeção que não sejam de competência Legal do CRF-Ba, a Coordenação de Fiscalização encaminha à outros órgãos públicos para que sejam adotadas as providências cabíveis (Vigilâncias Sanitárias, Ministério Público, outros conselhos de classe, etc.).

As diretrizes para as ações de fiscalização em um exercício anual fazem parte do Plano Anual de Fiscalização, discutido e aprovado pelo Plenário da Autarquia até o dia 31 de março de cada ano.

A fiscalização do CRF-BA tem como missão principal garantir o direito da população previsto em Lei de ser atendida por um Profissional Farmacêutico habilitado, ético e capacitado.